با فروپاشی شوروی و اعلام استقلال جمهوری‌های تازه تاسیس در آسیای میانه و قفقاز اسرائیل آنها را به رسمیت شناخت و سعی کرد نفوذ خود را در این کشورها گسترش دهد. در همین راستا در 7 آوریل 1992 روابط غیر رسمی دیپلماتیک بین اسرائیل و مقامات باکو برقرار شد.
این روابط با تلاش اسرائیل روز به روز تقویت می شد. زیرا اسرائیل تلاش داشت از وضعیت بی ثبات خاندان علی‌اف و مخصوصا شخصیت متزلزل الهام‌علی‌اف برای ضربه زدن به ایران نهایت استفاده را ببرد.
تلاش اسرائیل برای تنش آفرینی و تحریف وضعیت تاریخی منطقه با دمیدن در روح اختلافات قومی به منظور بی‌ثبات کردن منطقه برای فشار بر ایران به طور مداوم ادامه داشت. در این زمینه آنها با تحریک حس خودبزرگ بینی در آقای الهام علی‌اف و تزریق توهم محبوبیت مبتنی بر کیش شخصیت در او زمینه را برای سو استفاده ابزاری از حکومت باکو فراهم کردند و سیاست های این منطقه در قبال ایران را از مسیر درست خود منحرف کردند. این وضعیت بیشتر تحت تاثیر تفکرات موهوم و تفرقه‌افکنانه خانم برندا شیفر اسرائیلی شکل گرفت.
خانم شیفر در راستای اهداف اسرائیل با سو‌استفاده از شخصیت نفوذپذیر علی‌اف تاثیرات عمیقی بر سیاستهای باکو در ضدیت با ایران ایفا کرد. مهمترین حربه خانم شیفر تحریف واقعیات تاریخی منطقه و فروش آن به علی‌اف و سپس تبلیغ این جعلیات از طریق پروپاگاندای رسانه ای برای واقعی جلوه دادن آنها در نزد افکار عمومی بود که همچنان با حمایت حکومت باکو با شدت زیادی ادامه دارد.
نفوذ خانم برندا شیفر به حدی بالا رفت که این فرد مطابق اسناد نیویورک تایمز و رادیو آزادی به عنوان مشاور استراتژیک علی‌اف در شرکت نفت دولتی باکو مشغول به کار شده بود. این روند آنچنان عمیق شد که در چند سال اخیر به خصوص بعد از پیروزی آنها در جنگ قره باغ که با استقبال ایران هم روبرو شد؛ تماس مقامات باکو با واقعیات منطقه کمتر از قبل شود.
آقای علی‌اف با ناشی‌گری رجزخوانی های گسترده‌ای علیه ایران انجام داد و فضا را به گونه ای رقم زد که رسانه‌ها و بعضی نمایندگان آنها در مواضعی خصمانه و جنون‌آمیز رسما ادعای ارضی علیه ایران مطرح می کنند.
این مواضع غیردوستانه و مضحک همواره با خویشتنداری ایران روبرو شده است؛ ولی متاسفانه با توجه به فشار تحریم ها علیه ایران؛ این تصور غلط را در بین مقامات باکو ایجاد شده است که گویا مماشات ایران از سر ضعف است! در حالی که خویشتنداری ایران ناشی از یک دوراندیشی و فرصتی برای درک واقعیات موجود از جانب حکومت باکو است.
گسترش روابط باکو و اسرائیل از زمان روی کار آمدن ترامپ که منجر به خروج او از برجام و بازگشت تحریم‌ها علیه ایران شد با سرعت و شدت بیشتری ادامه پیدا کرد و نفوذ اسرائیل در باکو را دوچندان کرد. الهام علی اف، روز 21 ژانویه 2016، در چارچوب اجلاس اقتصادی داووس در سوئیس با بنیامین نتانیاهو نخست وزیر اسرائیل دیدار کرد.
اواخر همین سال و در 13 دسامبر 2016، بنیامین نتانیاهو، در سفری کاری به باکو رفت و با علی‌اف دیدار کرد. در این سفر کمیسیون مشترکی بین دو طرف برای پیگیری توافق ها و تقویت روابط تشکیل شد.
دو سال بعد و در 24 ژانویه 2018 مجددا این دو در چارچوب مجمع جهانی اقتصاد داووس با هم دیدار کردند. در حال حاضر حدود بیست سازمان فرهنگی اجتماعی اسرائیلی در حکومت باکو وجود دارد. تاکنون در مجموع، 13 سند بین حکومت باکو و دولت اسرائیل در زمینه همکاری در زمینه های مختلف امضا شده است. کارگروه روابط بین المجالس در باکو فعالیت می کند که رئیس گروه رافائیلوف آناتولی خیموویچ است.
همچنین یک گروه دوستی بین پارلمانی در پارلمان اسرائیل وجود دارد. که رهبر آن گروه اوگنی سووا است. گرمی روابط غیر رسمی دو طرف در نهایت در سال 2022 منجر به روابط رسمی و تبادل سفیر بین طرفین شده است. این اقدام ناخرسندی ایران را در پی داشته است.
اخیرا روزنامه اسرائیلی هاآرتص نوشته بود؛ اسرائیل در طول دو دهه گذشته یک اتحاد استراتژیک با آذربایجان داشته است و به این کشور تسلیحات به ارزش میلیاردها دلار فروخته است. باکو در ازای آن منابع نفتی اسرائیل را تأمین می‌کند و اجازه دسترسی اسرائیل به ایران را می‌دهد. این رونامه نوشته بود از سال ۲۰۱۶، هواپیماهای آی‌ال-۷۶ شرکت «سیلک وی» (Silk Way) دست‌کم ۹۲ بار در فرودگاه عوودا -این مقصد غیرعادی برای هواپیماهای باری غیرنظامی- فرود آمده‌اند که هدف آنها انتقال تسلیحات از اسرائیل به باکو بوده است.
همچنین در ادامه این گزارش آمده بود مقامات باکو به موساد اجازه داده‌اند تا شعبه‌ای برای نظارت بر آنچه در ایران در حال وقوع است، ایجاد کند و حتی فرودگاهی را برای کمک به اسرائیل در صورت تصمیم به حمله به تأسیسات هسته‌ای ایران آماده کرده‌اند و حتی ادعا کرده است که موساد اسناد آرشیو هسته‌ای ایران را از طریق باکو از ایران خارج کرده بود.
اخیرا مختار محمداف سفیر باکو در اسرائیل در گفتگو با روزنامه اورشلیم و در واکنس به گزارش هاآرتص مدعی شده است که دولتش اجازه نخواهد داد از قلمرو آن علیه دیگر کشورها استفاده شود. این در حالی است که قبل از آن بعضی محافل رسانه ای حملات پهپادی به بعضی تاسیسات ایران را از مقصد باکو معرفی کرده بودند.
در هر صورت واقعیت این است که روابط اسرائیل با حکومت باکو روز به روز در حال گسترش است و اتحاد این دو کشور تاثیرات زیادی بر سیاست های دولت علی‌اف علیه ایران داشته است. در ماجرای حمله یه سفارت باکو در تهران با وجود اینکه دولت ایران تمام تلاش و همکاری خود را برای بازداشت و محاکمه افرد مهاجم انجام داده است ولی یک جنگ تبلیغاتی غیرعادی از سوی رسانه های دولتی باکو و مقامات رسمی این کشور علیه ایران به راه افتاده است.
این در حالی است که عده ای حمله به سفارت باکو را اقدامی طراحی شده از سوی حکومت علی‌اف برای تحت فشار گذاشتن ایران می دانند. در مجموع در طی دو سال گذشته تنش آفرینی باکو علیه منافع ایران ابعاد جدیدی به خود گرفته است؛ دامنه اهانت های آشکار آنها به مرور در حال گسترش در سطح افکار عمومی کشور است که نیازمند توجه بیشتر مقامات کشورمان برای برخورد با این موضوع است.
